Druga metoda ekstrakcji polega na traktowaniu próbki z rozpuszczalnikiem ultradźwiękami w łaźni wodnej. Metoda nosi nazwę UAE (Ultrasonic-Assisted Extraction), a zachodzący proces nazywa się sonifkacją. Energia fali dźwiękowej, rozchodząc się w rozpuszczalniku, przyspiesza ekstrakcję. Podobnie jak w poprzedniej metodzie, użyte zostaną trzy rozpuszczalniki – heksan, eter dietylowy oraz benzyna ekstrakcyjna. W celu przeprowadzenia doświadczenia, do probówek odważamy dokładnie 1 gram próbki oraz odmierzamy 3 mililitry rozpuszczalnika. Probówki wstawiane są do specjalnej łaźni ultradźwiękowej. Proces trwa 3 godziny.

Po tym czasie, próbki wstawiane są do wirówki na 15 minut przy prędkości 4000 r/min. Po wirowaniu oddziela się ekstrakt od próbki. Z ekstraktu odparowywany jest rozpuszczalnik a pozostałość w postaci oleju, jest ważona.

Metoda z użyciem ultradźwięków ma wielorakie korzyści.  Jest szybsza od metody Soxhlet’a a ekstrakcji może być poddawane wiele próbek w tym samym czasie. W konsekwencji zużycie energii jest mniejsze. Ponadto, ilości próbek użyte w badaniu są znacznie mniejsze a co za tym idzie, mniejsze jest zużycie lotnych szkodliwych rozpuszczalników. Zasadniczą wadą jest konieczność oddzielania ekstraktu od próbki. Reasumując, podczas badań laboratoryjnych, metoda z użyciem fal ultradźwiękowych będzie bardziej wydajna czasowo oraz pod względem zużycia energii i materiałów.